La iglesia se levantó sobre terreno probablemente ocupado por una mezquita primero y por una iglesia mudéjar después, que coexistiría con la actual hasta 1754.

Las obras se iniciaron en 1541 con las trazas de la capilla mayor y la torre, a cargo de Diego de Siloé. Las obras de la nave corrieron a cargo de Juan de Maeda, continuadas hasta mediados del siglo XVIII, con trabajos en la bóveda de las naves y el coro.